Năm 1945, Bảo Đại giao ấn kiếm cho chính quyền Cách mạng, tuyên bố thoái vị, bà Từ Cung cùng bà Nam Phương hoàng hậu và con cháu hoàng thất dọn ra cung An Định ở. Khi cựu hoàng Bảo Đại ra Hà Nội làm cố vấn cho chủ tịch Hồ Chí Minh, bà Từ Cung và bà Nam Phương cùng các hoàng nam, hoàng nữ vẫn ở tại cung An Định.

Những năm 1949 - 1954, khi Bảo Đại trở về làm Quốc trưởng bà Từ Cung trở lại Hoàng cung, ở tại cung Diên Thọ. Năm 1954, khi Bảo Đại qua Pháp lưu vong bà lại phải ra khỏi Hoàng thành về sống ở cung An Định.

Năm 1955, khi Quốc trưởng Bảo Đại bị lật đổ, Ngô Đình Diệm lên làm Thủ tướng thì chính quyền miền Nam Việt Nam không cho phép bà Từ Cung ở lại trong cung An Định. Trong tình cảnh này bà đã mua lại ngôi nhà của bà Ân phi Hồ Thị Chỉ, là nhà 79 phố Phan Đình Phùng và ở đây cho đến ngày cuối đời. Trong thời gian chiến tranh loạn lạc, mọi hoạt động cúng bái các bậc tiên tổ, hội họp Nguyễn Phước Tộc đều diễn ra tại căn nhà này. Cũng trong thời gian này bà hoàn toàn mất liên lạc với ông hoàng Bảo Đại.

Bà Lê Thị Dinh là người phục vụ bà Từ Cung hơn 60 năm, là người cung nữ cuối cùng triều Nguyễn phục vụ cho Từ Cung Hoàng Thái hậu[5]. Bốn cung nữ hầu Hoàng Thái Hậu gồm: bà Lê Thị Dinh (nhiệm vụ là trang điểm cho Đức Bà, là người hầu hạ Đức Bà tới lúc cuối đời), Lê Thị Tìm (đọc truyện cổ tích và tụng kinh cho Đức Bà nghe hàng đêm), Nguyễn Thị Vân và Trần Thị Vui. Đây là bốn cung nữ cuối cùng của triều Nguyễn, cũng là những cung nữ cuối cùng của Việt Nam đang sống vào thế kỷ XXI[6].

Năm 1980, Từ Cung thái hậu qua đời, thọ 90 tuổi, bà được an táng gần Ứng Lăng tại xã Hương Chữ, Hương Thuỷ, Thừa Thiên-Huế. Căn nhà 79 Phan Đình Phùng mà bà đã ở những ngày cuối đời hiện nay được tu bổ trở thành điểm tham quan cho khách du lịch.

Theo "Bức Tâm Thư" tức "Di Chúc" của đức Đoan Huy Hoàng Thái hậu - Từ Cung thì ngôi nhà của Bà sau khi Bà qua đời, sẽ là nơi thờ phụng "Liệt Thánh" (tức Tổ Tiên nhà Nguyễn) và thờ Bà.

Ngôi nhà của Bà sẽ giao cho Hội đồng Hoàng Tộc Nguyễn Phước (gọi tắt là Hội đồng Nguyễn Phước Tộc) quản lý và sử dụng làm Văn phòng của Nguyễn Phước Tộc để đón tiếp bà con và sinh hoạt Hoàng tộc. (Vì năm 1980, khi Bà mất, Nguyễn Phước Tộc chưa có những sinh hoạt như hiện nay trong Kinh Thành, tại Đại Nội Huế).

Nhưng do hiện nay ở Huế vẫn chưa có ai trong Nguyễn Phước Tộc chính thức đến tiếp nhận thừa kế gia sản cho nên ngôi nhà của bà và các hiện vật bên trong tạm thời được giao cho Trung tâm Bảo tồn di tích cố đô Huế quản lý.